よくあるのが、会社のための事務所を用意していない場合に、自宅の住所を本店所在地にするケースです。プライバシーを守るため、自宅の住所を知られたくない方も多いかと思います。その場合は、それ以外の住所を表記できるようにするのが賢明です。レンタルオフィス・バーチャルオフィスなどを利用したり、知人の会社に間借りさせてもらうというのが一般的です。本店登記することを嫌がる相手もいますので、レンタルオフィス・バーチャルオフィスの利用規約を確認したり、間借りであればその事務所の主(場合によってはその大家さんにも)に承諾を得ておくことをお勧めします。
なお、現在の法律では、代表者の住所は登記簿に記載され、登記簿謄本を取得して誰でも住所を知ることができますので、自宅を本店所在地にしないからといって自宅の住所を完全に隠すことはできません。プライバシー保護のため代表者の住所を登記簿に記載しないようにするという検討がされているそうですので、将来的には本店を自宅以外に置くことで自宅住所が知られなくなるようになるかもしれません。